Był człowiekiem mądrym, dobrym i odważnym. Czy był świętym? Tego jeszcze nie przesądzono, ale dla wielu z nas był empirycznym dowodem na istnienie Boga.

Żarliwy zwolennik dialogu z inaczej myślącymi, był osobowością niezwykłą w Kościele katolickim epoki międzywojennej. Blisko związany z ruchem ludowym, wzbudzał nieufność konserwatywnego duchowieństwa. Pacyfista i konsekwentny przeciwnik zabijania, był na froncie w 1920 r., a podczas okupacji hitlerowskiej został kapelanem żołnierzy Armii Krajowej.

Miał w sobie coś ze starotestamentowego proroka: mówił prawdę w oczy. W 1953 r. potępił z ambony uwięzienie prymasa Polski kardynała Stefana Wyszyńskiego. Wtedy zmuszono Go do opuszczenia Warszawy. Po kilku latach, gdy Prymasa uwolniono, ksiądz Zieja obracał się w kręgu podwarszawskich Lasek i Klubów Inteligencji Katolickiej. Należał do najbardziej słuchanych i kochanych duszpasterzy stolicy. Pozwolił sobie jednak na otwartą krytykę pewnych idei prymasa Wyszyńskiego i znów musiał opuścić Warszawę.

W Komitecie Obrony Robotników - gdzie miałem szczęście często Go spotykać - był dla nas wielkim autorytetem moralnym. Bardzo już stary, mówił głosem słabnącym i kruchym, ale zawsze był to głos człowieka mądrego i prawego. Odzywał się nieczęsto, ale słuchaliśmy Go z tym większą uwagą, że ksiądz Jan umiał wsłuchać się w argumenty swych polemistów. Przez te wszystkie lata pokazywał nam tę twarz Kościoła, która przemawiała językiem miłosierdzia i pojednania, a nie frazą klątwy i ekskomuniki.

Miał serce i patrzał w serce.

Adam Michnik. "Ksiądz Jan Zieja. Wspomnienie". "Gazeta Wyborcza" z 01-02.03.1997