W ciągu czterdziestu lat ks. Jan Zieja większość czasu spędza w Warszawie (patrz: WARSZAWA). Zagrożony aresztowaniem, w latach 1954-55 usuwa się ze stolicy, przebywając najpierw w Nowej Wsi pod Michalinem, potem wyjeżdża na leczenie do Harendy koło Zakopanego. W roku 1958 głosi słynne rekolekcje w domu macierzystym sióstr urszulanek w Pniewach oraz rekolekcje dla Episkopatu Polski na Jasnej Górze (uczestniczył w nich biskup nominat Karol Wojtyła). Lata następne poświęca wykładom i pracy katechetycznej w Drohiczynie (1957-65). Przez rok jest rezydentem w parafii Przytór na wyspie Wolin (1966-67).