W drugiej połowie roku 1947 ks. biskup Nowicki ponownie wyznaczył, ks. Zieję na proboszcza w Słupsku, przydzielając mu parafię przy ulicy Grottgera, w dzielnicy Zatorze. Ta nominacja nie może być traktowana jako "odpuszczenie grzechów" ks. Ziei. Po prostu wykazał on, że potrafi walczyć o sprawy światopoglądowe z przedstawicielami nowej władzy, co kościół musiał docenić. Miał także poparcie ks. biskupa Stefana Wyszyńskiego. Szedł jednak na parafię peryferyjną, już trzecią i najuboższą w mieście. W tym czasie w Słupsku działały już trzy parafie: pierwsza, Serca Jezusowego przy ul. Kaszubskiej, druga Najświętszej Marii Panny w kościele Mariackim na starym mieście i trzecia, właśnie tworzona przy ul. Grottgera. Oficjalnie nowa parafia była powołana dekretem ks. biskupa Edmunda Nowickiego, Administratora Apostolskiego z Gorzowa z dniem 1 czerwca 1948 roku.

Proponując wezwanie dla nowej parafii ks. Zieja podał biskupowi Nowickiemu kilka propozycji, a między innymi wezwanie "Świętej Rodziny" i "Chrystusa Robotnika". Ta druga propozycja była podyktowana robotniczym charakterem parafii. Biskup wybrał pierwszą propozycję.

Z tym wezwaniem "Świętej Rodziny" wiąże się sprawa zapatrywań ks. Ziei na sprawę rodziny chrześcijańskiej. W Zielone Świątki 1941 roku ks. Zieja napisał program pracy dla "Dzieła Świętej Rodziny" z myślą o przyszłości polskich rodzin po tragicznych latach wojny światowej. Ks. Zieja stwierdzał na początek w tym programie, że rodzina polska w okresie przedwojennym, szczególnie w tak zwanych "wyższych sferach", była często w rozkładzie moralnym. Niezależnie od tego jak ułożą się warunki zewnętrzne naszego życia po wojnie, sprawę rodziny fizycznie i moralnie zdrowej widział ks. Zieja jako sprawę centralną naszego życia narodowego.

Zdaniem ks. Ziei w Polsce powojennej jedni powinni zdrowe rodziny zakładać, drudzy powinni tym zdrowym rodzinom służyć, chore leczyć, a przede wszystkim ratować skarb najdroższy - dziecko.

Ks. Zieja proponował, aby rodziny polskie wierne zasadom chrześcijańskim jednoczyły się ze sobą w parafii dla celów samopomocy duchowej i materialnej, a zwłaszcza dla wychowania dzieci. Apelował do kobiet samotnych, żeby niosły pomoc rodzinom biednym. Będąc na nowo proboszczem w Słupsku wrócił do tego tekstu i w formie apelu rozsyłał go do wszystkich parafian. Należy domniemywać, że w pojęciu ks. Ziei "Święta Rodzina" to nie tylko rodzina Józefa, Marii i Jezusa, ale także polska rodzina, której trzeba strzec jak świętości.

W tym czasie Uniwersytetu Ludowego dalej prowadzić w myśl dotychczasowych zasad nie było można. Towarzysz Sokorski pamiętając księdzu Ziei jego wystąpienie w Warszawie, postarał się o rozwiązanie Uniwersytetu. Na początku listopada 1948 roku do Orzechowa przyjechało kilku urzędników państwowych z ramienia Ministerstwa Rolnictwa i Leśnictwa. Towarzyszył im nadleśniczy z Ustki i urzędnik starosty słupskiego. Ośrodek Uniwersytetu Ludowego został przekazany Nadleśnictwu Lasów Państwowych w Ustce. Ks. Zieja musiał od 1 grudnia 1948 roku Orzechowo opuścić. Zlikwidowano gospodarstwo pomocnicze. Część tego gospodarstwa pozwolono ks. Ziei zabrać ze sobą do nowej parafii w Słupsku.

Zaczął się brutalny okres wprowadzania komunizmu we wszystkie dziedziny życia. Oznaczał on wyraźny atak na kościół katolicki i związane z nim instytucje i stowarzyszenia. W Słupsku, podobnie jak w całym kraju nastąpiły także prześladowania przedwojennej inteligencji, urzędników, byłych policjantów, żołnierzy Armii Krajowej i innych ugrupowań niepodległościowych. W czerwcu 1947 roku zwolniono z pracy komendanta CWMO płk Jana Płotnickiego, a następnie aresztowano go, skazano wyrokiem sądu za pracę w Policji Państwowej na sześć lat więzienia. Karę odbywał w więzieniu na Rakowieckiej w Warszawie. Torturowany w czasie śledztwa, bardzo chory, został na trzy miesiące przed zakończeniem dosiadania wyroku zwolniony do domu, gdzie zakończył wkrótce życie. Wyrzucono z CWMO wszystkich oficerów byłej Policji Państwowej. Zwolniono z pracy prokuratora rejonowego Wacława Michałowskiego, urzędników Zarządu Miasta, byłego burmistrza Adama Stelmacha, naczelnika wydziału do spraw ludności niemieckiej Michała Isajewicza (Stelmach i Isajewicz to byli powstańcy warszawscy - żołnierze AK) i wielu innych. Wszystkie stanowiska obsadzano komunistami. W 1948 roku Związek Młodzieży Wiejskiej "Wici" rozwiązano, a członków i cały dorobek tej organizacji włączono do nowopowstałego Związku Młodzieży Polskiej.

Ks. Zieja również był "rozpracowywany" przez Urząd Bezpieczeństwa. Zachowała się o nim następująca notatka w dokumentach wydziału społeczno-politycznego MRN w Słupsku: "Ks. Jan Zieja organizował w Wytownie Uniwersytet Ludowy, jednocześnie organizował Związek Młodzieży Wiejskiej "Wici" w tejże gromadzie i był przez dłuższy czas jego prezesem. Pod względem politycznym średnio wyrobiony, lecz negatywnie nastawiony do obecnego rządu. Kontaktuje się przeważnie z ludźmi wyższej klasy i z byłymi członkami PSL, wrogo nastawionymi do obecnej rzeczywistości i rządu. Obecnie w Słupsku zajmuje stanowisko proboszcza przy kościele św. Tadeusza Judy (parafia Św. Rodziny - ZM), na Zatorzu przy ul Grottgera. Jest wrogo nastawiony do obecnej rzeczywistości i rządu. Poziom moralny dobry, opinia dobra, ma wzięcie u ludzi religijnych, stosunek do parafian i kościoła dobry. Stopa życiowa dość wysoka, dochodu nie można ustalić."

Tu kilka wyjaśnień. Parafia na ulicy Grottgera miała kościół pod wezwaniem św. Tadeusza Judy. Jest prawdą, że ks. Zieja kontaktował się z mieszkańcami leżącej pod Słupskiem Kobylnicy, która była uważana za główne siedlisko członków mikołajczykowskiego PSL. Pochlebnie wypada ocena uznania działalności ks. Ziei przez wiernych. Nie dodano tylko, że ci wierni - to była tak zwana wówczas klasa robotnicza, to byli robotnicy fabryki mebli i kolejarze mieszkający wokół kościoła Świętej Rodziny.

Pan Tadeusz Mucha obecnie mieszkający pod Poznaniem, a w latach 1945-48 mieszkaniec Słupska, był jednym z pierwszych uczestników kursów Uniwersytetu Ludowego. Wspomina on, że ks. Zieja nie zaprzestał w Słupsku działalności konspiracyjnej i miał jakieś przecieki informacji o zamierzonych przez UB aresztowaniach wśród byłych żołnierzy Armii Krajowej. Wielu ostrzeżonych przez księdza akowców wyjechało ze Słupska w nieznane.

Ks. Zieją interesował się także prezydent miasta Słupska i jego referat do spraw społeczno politycznych. Znalazłem w archiwum dokument z nadrukiem "Tajne", z dnia 27.11.1948 roku. Jest to informacja o księżach według wzoru nr 1. Treść jej jest następująca:

"Nazwa wyznania - rzym-kat.
Imię i nazwisko - ks. Zieja Jan
Tytuł i stanowisko - proboszcz przy kościele św. Tadeusza.
Data i miejsce urodzenia - 1.III.1898 w Ossa pow. Opoczno.
Gdzie i kiedy odbył studia teologiczne? - wyświęcony 1928 r.
Co robił i gdzie przebywał w czasie okupacji? - Przebywał na terenie woj. warszawskiego jako ksiądz.
Siedziba - Słupsk, przy kościele św. Tadeusza przy ul Grottgera.
Kto i kiedy przydzielił zajmowany obiekt? - Nie ustalono.
Gdzie i jakie stanowisko zajmował poprzednio? - Pełnił funkcję proboszcza na Polesiu, jednocześnie był profesorem w Seminarium Duchownym.
Od kiedy administruje obecną parafią? - 1947.09
Data wydania nominacji na prowadzenie duszpasterstwa - 1945
Ile kościołów obsługuje? - jeden przy ul. Grottgera św. Tadeusza.
Charakterystyka pracy obecnej - w 1946 r. we wrześniu we wsi Wytowno pow. Słupsk zorganizował Uniwersytet Ludowy, który trwał do 2.6.1947r. Zorganizował także organizację "WICI" w tejże gromadzie, gdzie przez dłuższy czas był prezesem tej organizacji.
Jak się prowadzi? - dobrze.
Ustosunkowanie do parafian - przychylny
Stosunek do obecnego ustroju w Polsce - wrogi.
Opinia - średnia
Sporządził Kierownik Referatu Społeczno-Politycznego".

W tym oficjalnym dokumencie aż roi się od błędów rzeczowych. Ks. Zieja otrzymał święcenia kapłańskie w roku 1919. Urodził się 1.03.1897 roku. Uniwersytet Ludowy działał do listopada 1948 roku. Rozbrajająca jest zwłaszcza to opinia - średnia. Co to znaczy? Trzeba tu zadać jeszcze jedno pytanie, co w tej całej informacji jest tajnego? Poziom tej informacji ujawnia cały bezsens tak zwanej pracy społeczno politycznej nad rozpracowaniem duchowieństwa katolickiego. To, że ks. Zieja był wtedy wrogo nastawiony do ustroju panującego w Polsce, to nie była żadna tajemnica i nie potrzebne były te wywiady.

W nowej parafii do pomocy w pracy duszpasterskiej poprosił ks. Zieja Siostry Urszulanki. Z parafialnej gromadki kobiet zmieniła profesję pani Anna Minkowska. We wrześniu 1947 roku otwarto w Słupsku niższe seminarium duchowne przy ulicy Szymanowskiego, w którym zaczęła ona pracę w charakterze wykładowcy filologii polskiej i zagadnień filozofii. Ks. Zieja wrócił do nauczania religii w słupskich szkołach.

Parafia Świętej Rodziny była trzecią w Słupsku i najuboższą. Większość parafian jak już wspominałem stanowili kolejarze i pracownicy fabryki mebli. Miała małą świątynię, ale zawsze pełną wiernych. Była tak ciasna, że ks. Zieja wystąpił w grudniu 1947 roku do władz miasta z prośbą o przyznanie mu placu pod budowę kościoła przy ulicy Szczecińskiej 15 i pozwolenie na budowę. Informował przy tym władze, że ma już zgromadzoną cegłę na budowę z rozbiórki zniszczonych w czasie wojny domów, którą zgromadzili jego parafianie. Niestety - pozwolenia ani placu nie otrzymał.

Ks. Zieja wizytował swoich parafian w miejscu zamieszkania, zapoznawał się z ich problemami, wprowadził kartotekę wszystkich wiernych. Poznawał dokładnie swoich parafian, ich rodziny, domy, warunki życia. Wielu rodzinom biednym niósł pomoc. Miał do prac duszpasterskich pomocnika, wikarego.

Przy plebanii założono małe kółko teatralne, wystawiające krótkie sztuki dramatyczne. Większość członków tego kółka stanowili kolejarze i członkowie ich rodzin.

Na plebanii mieszkała także pani Aniela Urbanowicz, Krystyna Żelechowska, Ludwika Ruszczyc, Anna Minkowska, Alicja Wirwes. Mieszkał także sekretarz parafii, kucharka, gospodarz parafialny Stefan Kullas, który opiekował się zabudowaniami parafii i całym przykościelnym gospodarstwem. Z Orzechowa ściągnął on część inwentarza w tym dwie krowy i kilka świń. Furmanką przywiózł także sprzęt gospodarski, meble oraz kilkaset tomów książek ze zbiorów pani Ruszczyc. Ks. Zieja swoim zwyczajem nie pobierał żadnych opłat za posługi religijne. Cała parafia utrzymywała się z tego, co jej wierni ofiarowali i co uzyskano z własnego gospodarstwa. Dowodem na to jest wyjaśnienie ks. Ziei dla Urzędu Skarbowego w Słupsku, który w 1949 roku prowadził postępowanie w sprawie nie płacenia przez księdza podatków. Był to zamierzony atak na księdza, który cieszył się w Słupsku wielką popularnością. Był to także efekt cytowanej wyżej notatki UB o inwigilacji księdza, próba ustalenia jego dochodów. Ks. Zieja pisał wtedy: "Utrzymuję się z dobrowolnych ofiar, składanych okazyjnie przez wiernych. Biorę z tego na siebie minimum; resztę oddaję na potrzeby najbiedniejszych i na cele społeczne (np. Biblioteka Filarecka, obsługująca młodzież całego Słupska). - Tak żyję od lat trzydziestu i nigdy dotąd nie płaciłem podatku dochodowego i nie poczuwam się do tego podatku na przyszłość. - Jeżeli Urząd Skarbowy będzie innego zdania i jakiś podatek mi nałoży - zastanowię się: czy ulec przymusowi zewnętrznemu i zapłacić, krzywdząc tych, którym dotąd służyłem - czy też odsiedzieć w areszcie. Na uwidocznione wyżej konto PKO otrzymuję ofiary na cele dobroczynne, a od kilku miesięcy - honoraria za artykuły prasowe. - Rachunków żadnych nie prowadzę". Urząd Skarbowy odstąpił od nakładania na ks. Zieję obowiązku podatkowego.

Nie mogąc działać społecznie ks. Zieja zajął się działalnością publicystyczną. Pisał każdego tygodnia artykuły religijne do "Tygodnika Powszechnego", podawał objaśnienia do ewangelii niedzielnych w czasopiśmie "Rolnik Polski", publikował swe prace w "Tygodniku Katolickim", wychodzącym w Gorzowie.

Odnośnie działalności publicystycznej, rodzi się pytanie - o czym pisał w swych artykułach ks. Zieja? Jedno z takich opracowań dotyczyło spraw rodziny polskiej. Zatytułował ten artykuł "Dzieła Świętej Rodzin". Był to program pracy z myślą o przyszłości polskich rodzin po okropnych doświadczeniach czasów wojny. Trzeba jego zdaniem ratować te rodziny, gdyż są w stanie rozkładu moralnego. Sprawę rodziny fizycznie i moralnie zdrowej widział jako centralny punkt naszego życia narodowego. W Polsce obecnej i przyszłej jedni powinni zdrowe rodziny zakładać, a drudzy powinni tym rodzinom służyć, chorych leczyć, a przede wszystkim ratować skarb najdroższy - dziecko.

Ks. Zieja proponował, aby rodziny polskie wierne zasadom chrześcijańskim jednoczyły się ze sobą w parafii dla celów samopomocy duchowej i materialnej, a zwłaszcza dla wychowania dzieci. Apelował do kobiet samotnych, żeby niosły pomoc rodzinom biednym. Tekst ten w formie apelu ks. Zieja rozdawał rodzinom i rozsyłał po Polsce. Parafianie ks. Ziei z tego okresu na spotkaniu w Słupsku w 1997 roku dowodzili, że przejęty tą ideą ich proboszcz nazwał właśnie tak swą parafię - "Świętej Rodziny".

W "Tygodniku Katolickim" pisał każdego tygodnia artykuły na tematy dotyczące życia Jezusa Chrystusa i jego uczniów opracowane na podstawie słów ewangelii i Dziejów Apostolskich oraz na temat katechizmu życia chrześcijańskiego.

Pod koniec 1948 roku działalność ks. Ziei i pani Urbanowicz natrafiała na coraz to większe trudności. Nawet premier Cyrankiewicz nie mógł im dalej pomagać. O wszystkim w państwie decydowała i powstała w grudniu tego roku ze zjednoczenia PPR-u i PPS-u partia PZPR i jej pierwszy sekretarz Bolesław Bierut. Ziemie Odzyskane objęto szczególną kontrolą ideologiczną. Odsuwano instytucje kościelne od działalności społecznej i charytatywnej. W tej sytuacji doszło do upaństwowienia Domu Matki i Dziecka. Pani Urbanowicz jako założycielka przez pewien czas pracowała w tym Domu, ale aby ją stąd usunąć, nasyłano na nią kontrole sanitarne i finansowe, których zadaniem było znaleźć na nią jakieś argumenty dla jej usunięcia z pracy. I mimo, że żadnych nieprawidłowości w pracy pani Urbanowicz nie znaleziono, skutecznie obrzydzono jej życie i radość z udzielania pomocy osobom jej potrzebującym. Dlatego w końcu z tej pracy zrezygnowała. Przez jakiś czas jeszcze się łudziła, że będzie mogła podjąć podobną działalność na innym terenie. Zamierzała otworzyć nowy Dom Matki i Dziecka w okolicy Białowieży. Nic jednak z tych planów nie wyszło.

W tym samym czasie rozwiązano Polskie Towarzystwo Naukowe, którego członkiem był ks. Zieja. Urząd Wojewódzki w Szczecinie odmówił wpisania do rejestru stowarzyszeń PTN w Słupsku. W taki sposób utrącano z góry kolejną inicjatywę społeczną w zakresie powszechnej oświaty.

Na początku 1949 roku ks. Zieja bardzo się rozchorował. Już pod koniec 1948 roku, jak wspomina jego uczennica pani Wilgasiewicz-Nowakowska w czasie lekcji w szkole ćwiczeń przy Liceum Pedagogicznym w Słupsku ks. Zieja zasłabł, przeprosił uczniów, wyszedł na korytarz i tam upadł na podłogę. Zabrano go nieprzytomnego na leczenie do szpitala w Słupsku a następnie przewieziono do Gdańska. Ascetyczne życie, jakie prowadził, przepracowanie i nadmorski, wilgotny klimat Słupska, spowodowały chorobę płuc. Lekarz zalecił księdzu zmianę klimatu i podjęcie natychmiastowego leczenia. Polecił wziąć trzymiesięczny urlop. Jako miejsce leczenia wskazany był Otwock. W tym czasie z polecenia arcybiskupa Stefana Wyszyńskiego przyjechał do Słupska biskup Karol Niemira, przed wojną zarządzający diecezją pińską i przełożony z tych czasów ks. Ziei. Biskup Niemira objął w tym czasie w Warszawie parafię św. Wawrzyńca na Woli i chciał mieć ks. Zieję zastępcą proboszcza. Był to faktycznie pretekst, aby ściągnąć ks. Zieje do Warszawy i skierować na leczenie. Ks. Zieja zgodził się na przyjazd do Warszawy, ale tylko do pracy parafialnej. Chciał kontynuować na Woli to, co już czynił w Słupsku. Spakował się i w lutym 1949 r. znalazł się w Warszawie. Tym sposobem zakończyła się czteroletnia działalność ks. Ziei w mieście nad Słupią, dla którego zrobił w tym okresie tak wiele i gdzie pozostawił parafian pamiętających do dziś tego zacnego kapłana. Wraz z księdzem wyjechały ze Słupska jego pomocnice panie Krystyna Żelechowska i Aniela Urbanowicz Opuściła także Słupsk pani Ludwika Ruszczyc wraz ze swoją biblioteką.

W książce pod tytułem "W ubóstwie i miłości", wybór kazań ks. Ziei, ks. Waldemar Wojdecki, po rozmowach z ks. Zieją na temat jego pracy w Słupsku pisał: "Od dawna gorącym jego pragnieniem było stworzenie na przyłączonych do Polski terenach wzorowej parafii, opartej na życiu w prawdzie, pięknie, pracy i miłości, w której Chrystus i Jego Ewangelia byłyby największym umiłowaniem i podstawą życia. Opatrzność Boża postawiła go w Słupsku. Tu chciał pracować do śmierci. Tu widział dla siebie miejsce na cmentarzu".

Stało się jednak inaczej. W roku 1949 działalność ks. Ziei była w takim zakresie jak to sobie wyobrażał w swych publikacjach i jak realizował w początkowym okresie pracy na ziemi słupskiej była niemożliwa, ze względu na ograniczenia władz wraz z postępujące wprowadzanie stalinowskich zasad życia społecznego. Los rzucił go z powrotem do Warszawy, gdzie dostrzegał większe możliwości działania. Ale słupski okres jego działalności był niewątpliwie najbardziej zbliżony, przynajmniej na początku do roku 1947, do tego, co sobie zaplanował jako wzorową pracę w parafii katolickiej. Tu realizował się jako kapłan, nauczyciel, organizator życia społecznego, działacz charytatywny. Pozostawił po sobie wielkie owoce swej misji. Jego byli parafianie do dziś pamiętają i wspominają swego nieprzeciętnego kapłana. Na wielu spotkaniach poświęconych jego pamięci mówią o nim z wielkim szacunkiem i miłością. Trzymają jak relikwie pamiątki po wielkim kapłanie i jego zdjęcia z tego okresu. Podkreślają jego oddanie Bogu i Ewangelii, dar oratorski, franciszkańską postawę życiową i jego zaangażowanie w pracy społecznej, charytatywnej i parafialnej.

To właśnie ze słupskiego środowiska katolickiego byłych parafian ks. Ziei wyszła inicjatywa rozpoczęcia zbierania dokumentów w sprawie wszczęcia procesu beatyfikacyjnego tego wielkiego kapłana.